Als vor der Küste Japans ein Meteorit einschlägt, löst er eine Reihe von Naturkatastrophen aus.
Ein illegaler Schatzsucher, seine Ex-Frau und ein Angestellter der mächtigen und skrupellosen Tomo-Company werden ins Katastrophengebiet geschickt um Nachforschungen anzustellen. Dort stoßen sie auf ein gigantisches Ei und zwei kleine Erdgeister, die ihnen erklären das Mothra in dem Ei schläft und das ihre böse Schwester Battra von dem Meteorit geweckt wurde und die ganze Erde in Gefahr ist.
So entschließen sie sich das Ei zu seinem Schutz nach Japan zu bringen, nichts ahnend das die böse Tomo-Company es als Ausstellungsstück vermarkten will.

Doch so weit kommt es erst gar nicht, denn noch während des Transports taucht plötzlich Godzilla auf und beginnt das Schleppschiff mit dem Ei zu attackieren. Daraufhin schlüpft Mothra-Larve und versucht zu entkommen, hat aber keine Chance bis plötzlich auch Battra-Larve auftaucht und in den Kampf mit einsteigt.
Während die sich mit Godzilla dermaßen am Meeresboden herumbalgt, das sogar die Erdkruste aufreißt und beide in Lava versinken, können Mothra-Larve und die Menschen entkommen. Doch nun hat die Tomo-Company kein Ei mehr das sie vermarkten kann, also beschließt ihr Vertreter, damit er nicht mit leeren Händen zurückkommt, die beiden Erdgeister zu entführen und bringt sie seinem Chef, der begeistert einen noch größeren Marketingplan entwirft.

Derweil ist aber Mothra-Larve auf dem Weg nach Tokio um die Geister zu retten und letztendlich tauchen auch Godzilla und Battra wieder auf, so dass es schließlich zum großen Duell der drei Monster kommt.

"Kampf der Sauriermutanten" gehört zur zweiten Generation von Godzilla Filmen, die nach der Ersten (von 1954 bis 1975) in den Jahren 1984 - 1995 das Licht der Filmtheater erblickte.
Mit Mothra wurde zu dem eine alte Bekannte als Gegnerin reaktiviert, das erste Aufeinandertreffen der beiden fand bereits 1964 in  Godzilla und die Urweltraupen statt. Seit dem hatten sich die beiden schon in einigen Filmen wiedergesehen und Mothra war zu einem der beliebtesten Monster neben Godzilla avanciert und legte später (wie in ihrem Filmdebut) auch noch einige Solo-Auftritte hin. Neu und bisher einmalig durfte hier hingegen auch ihre böse Schwester Battra mitmischen.

Die Geschichte beginnt dabei erst einmal recht beschaulich. Die erste halbe Stunde nimmt sich der Film Zeit das allgemeine Setting, es geht mal wieder ums Thema Umweltschutz und -verschmutzung, aufzubauen und die menschlichen Figuren, eine Godzilla-typische Dreier-Combo mit Liebesgeschichte, einzuführen. Doch ab dem ersten Angriff Godzillas auf das Mothra-Ei nimmt die Film deutlich Fahrt auf, während sämtliche menschlichen Komparsen mehr oder weniger zur Makulatur degradiert werden. Besonders nutzlos in Erscheinung tritt hier der Krisenkontrollstab in seinem Kommandocenter, der eigentlich nur ein reiner Stichwortgeber für die nächste Szene ist.
Die Wechseln dann wie gesagt recht rasant, Mothra-Larve macht die Stadt platt, das Militär darf kurz ein bisschen rumballern, dann spinnt sie sich ein. Der weil bricht anderswo schon wieder die Hölle los als Godzilla, begleitet von einem Vulkanausbruch, aus dem Fuji klettert. Mit amüsanter Selbstironie stellt einer der Wissenschaftler dabei fest das das mit dem menschlichen Verstand nicht mehr erklärbar wäre. Wann war eine Godzilla Story das jemals?
Nun darf sich jedenfalls auch Godzilla ein bisschen mit dem Militär und seinen schicken Strahlenkanonen rumbalgen, bis er schließlich auf Mothra und Battra trifft, die sich fieser Weise plötzlich darauf einigen gegen ihn gemeinsame Sache zu machen. Dabei wird natürlich auch noch weiter Stadt plattgewalzt. So gehört sich das.

Der weil entschuldigt sich die Handlung mit einer dürftigen Entführungsgeschichte, bei der auch das obligatorische Telepathen-Mädchen mitmischen darf. An einer anderen Stelle entlarvt sich die skrupellose Wirtschaftsmacht derweil es hilfloser Jammerhaufen, womit auch die moralische Komponente des Film abgeliefert wäre.
Aber das ist zu dem Zeitpunkt schon gar nicht mehr wichtig, denn jeder Schnitt auf die menschlichen Akteure ist nur noch Pausenfüller zwischen der Monsteraction und die lässt es in einem furiosen Finalkampf so richtig krachen.
Vergessen sind dabei die Albernheiten die Godzilla teilweise in den Vorgängerfilmen heimgesucht hatten. Vorbei mit Slapstick-Wrestling-Moves und Ballspielen mit Felsbrocken. Stattdessen beweisen die Monster strategische Heimtücke wenn sie ihre Gegner unter umstürzenden Hochhäusern begraben oder von Riesenrädern erschlagen lassen wollen.
Das sich Mothra und Battra am Ende plötzlich so gut verstehen ist natürlich etwas seltsam und steht ein bisschen im Widerspruch zur der alten Legende der Erdgeister (die übrigens wie gewohnt mit einigen Gesangseinlagen nerven dürfen), aber scheinbar reicht etwas Goldkonfetti um uralte Intimfehden zu begraben.
Das Mothra aber auf diese Weise mal wieder über Godzilla triumphieren darf ist wirklich eine riesen Sauerei! Ein abgebrochener Hornkäfer und ein zotteliger Bettvorleger machen den König aller Monster platt... aber na gut, noch ist nicht aller Tage Abend. Der Rückkampf kommt bestimmt.

Bis dahin ist der "Kampf der Sauriermutanten" ein durch und durch guter Godzilla-Streifen.
Blöde Story, reichlich Monsteraction, gute Effekte, die richtige Musik, motiviertes, aber hilfloses Militär, ein paar zerstörte Großstädte und am Ende findet die kleine Familie wieder glücklich zusammen und wir alle haben gelernt "Sei kein Schwein, halt die Umwelt rein!" , sonst kommen ein paar Hochhausgroße Monster und walzen alles platt.

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